При автоматической или ручной остановке системы необходимо промыть водой для очистки поверхности, чтобы ионы воды, оставшиеся в оболочках мембраны, не осаждались на ее поверхности и не вызывали засорения. Кроме того, в зависимости от содержания сырой воды в мембранах, химическая промывка должна проводиться через определенные промежутки времени, когда скорость производственного потока начинает снижаться. Химическая промывка проводится с целью предотвращения засорения мембран и продления срока их службы. Для этих целей используется установка для промывки мембран. CIP бак и насос рассчитываются в зависимости от производительности системы.