Arıtma sistemlerinde, mikrobiyolojik büyümeyi kontrol altına almak ve arıtma sisteminin devamında kullanılacak ekipmanlara zarar vermemek adına dezenfeksiyon işlemi yapılması gerekir. Bu dezenfeksiyon aynı zamanda kötü kokuların oluşmasını önler ve insan sağlığını korumaya yardımcı olur. Dezenfeksiyon sistemleri doğru miktarda doğru ürün kullanıldığı halde faydası vardır fakat fazla veya gereksiz kullanıldığında ise tanklara ve ekipmanlara aynı ölçüde zarar verebilmektedir.

Su arıtımında dezenfeksiyon için eOXI, Klor, Gaz klor, Ozon, Klordioksit jeneratörü ve UV (ultraviyole) cihazları ve üniteleri kullanılmaktadır.