Nanofiltrasyon sistemleri, moleküler ağırlık geçirgenliği bakımından ultrafiltrasyonla ters osmoz arasında kalmaktadır. Diğer bir deyişle, ters osmozun düşük basınçlı işletim şeklidir. İşletme basınçları ve membran tipleri ters osmoz ve nanofiltrasyon için en temel farklardan biridir. Fakat nanofiltrasyonda kirlenme hızı, ters osmoza göre daha düşüktür.

Endüstriyel, evsel su ve atık su arıtımı ile birlikte kuyu suyu, yer altı suyu gibi su kaynaklarını da arıtmada kullanılabilmektedir. Genellikle virüsleri, bakterileri, organik yükleri ve sertliği gidermede kullanılır. AKM’ye bağlı renk gideriminde alternatifleri olsa da su karakterine göre nanofiltrasyon da sıklıkla tercih edilmektedir.